اواسط دهه 70 در اثر پایان یافتن جنگ و موج نوسازی و بازسازی در كشور، ایده هایی در مورد ضرورت حفظ و بازسازی مزار شهدا در سراسر كشور مطرح شد و طرحی جهت ترمیم برخی از قبور در حال تخریب شهدای گمنام مطرح شد که در ادامه، تبدیل به طرح بازسازی؟! و زیبا سازی؟! قبور همه 300 هزار شهید دفاع مقدس با برآورد هر مزار یک میلیون تومان که بعدها بیش از آن هم شد تبدیل می کنند.
در اولین واكنش ها به طرح بازسازی علیرضا كمری در مسئول معاونت پژوهشی دفتر ادبیات و هنر مقاومت با نوشتن مقاله ای تحت عنوان "رازمزار" در نامه پژوهش به بررسی ابعاد مختلف ضرورت حفظ این اثر تاریخی پرداخت. همچنین چندین جلد کتاب توسط بنیاد شهید، بنیاد حفظ آثار و ارزشهای دفاع مقدس و سازمان میراث فرهنگی کشور و ستاد اقامه نماز و نیز چند پایان نامه در دانشگاه های مختلف با موضوع مزارشناسی و گورشناسی تألیف شد. و درنهایت بنابرآن شد که مجموعه ای كار نظری در این زمینه انجام دهد متاسفانه این مجموعه هرگز تشكیل نشد.
رضا امیرخانی در رمان بی وتن با نوشتن بخشی به عنوان بشكه اسید آقای گاورمنت نسبت به بازسازی مزار شهدا شدیدا اعتراض كرد. بی وتن جزو پرفروش ترین رمان های سال 87شد.
علیرغم همه این فعالیتها و هشدارهای فرهنگی کارشناسان، طرح اولیه بازسازی با حضور چند مهندس معمار و عمران و بدون حضور كارشناسان فرهنگی و اجتماعی كلید خورد و روند یكسان سازی در شهرستان های دوردست تا مراكز استان ها پی گیری شد.
تداوم یكسان سازی مزار شهدا در مشهد، یزد، اصفهان، همدان، شهرکرد وسایر شهرستانها و از بین رفتن هویت تاریخی گلزارهای شهدا موجب جدی تر شدن نارضایتی ها و انتقاد خانواده های شهدا و ایثارگران شد. در مشهد عمق فاجعه به حدی بود كه یكی از مسئولین عالی نظام در بازدید از بهشت رضا به شهردار وقت ابراز نارضایتی كرد. دانشجویان و طلاب مشهدی ضمن موضع گیری مستندی در این زمینه فراهم كردند. تكرار فاجعه در شاهرود اعتراض هایی را برانگیخت و مجموعه كاملی از "عكس های فاجعه" در شاهرود منتشر شد. دانشجویان عدالتخواه شاهرودی اقدام به راه اندازی وبلاگ پژمران برای اطلاع رسانی در این مورد كردند.
زمزمه های آغاز آزمایشی طرح در تهران در اردیبهشت 85 اعتراضات تشكل های دانشجویی و بعضی از ایثارگران، فعالان فرهنگی، اساتید و نمایندگان مجلس را برانگیخت. بسیج دانشجویی دانشگاه تهران و جنبش عدالتخواه دانشجویی ضمن دادن بیانیه هایی جداگانه، شدیدا به این مسئله اعتراض كردند. توزیع كنندگان بیانیه ها در بهشت زهرا به وسیله حراست بهشت زهرا بازداشت شدند.
بنیاد شهید و شهرداری جلساتی را برای هماهنگی شروع اجرای طرح تشكیل دادند. نهایتا بدون سرو صدا قطعه شهدای گمنام بهشت زهرا یعنی قطعه 44 تبدیل به پارك كشته های جنگ جهانی شد! دانشجویان و خانواده های شهدا در جلسه افتتاح شاهكار سه نهاد بنیاد شهید، شهرداری و بهشت زهرا اعتراض خود را اعلام كردند که محافظین ریاست وقت بنیاد شهید با معترضین برخورد كردند.
چند گروه محقق از فرانسه و بعضی كشورهای اروپایی با اطلاع از خطر از بین رفتن موزه طبیعی كه در بهشت زهرا شكل گرفته است، اقدام به بررسی و تحقیق علمی در مورد آن نمودند. مهران تمدن از اعضای انجمن ایران شناسی فرانسه  نیز مستندی از هویت فرهنگی گلزار شهدا و رابطه عاطفی و معنوی مادران و خانواده های شهدا با گلزار شهدا  ساخت.
سردار باقرزاده، رئیس بنیاد حفظ و نشر آثار و ارزش های دفاع مقدس، با انتشار رنج نامه ای در سال 86 مخالفت خود را نسبت به تخریب گلزار شهدا و طرح یكسان سازی اعلام کرد.
بعد از دو سال وقفه، در سال 87، مسئولین بنیاد شهید و شهرداری تهران تصمیم به توسعه طرح یكسان سازی به همه گلزار شهدا گرفتند. اعتراض خانواده های شهدا، تشكل های دانشجویی، اساتید و ایثارگران، نمایندگان مجلس و حتی مشاور رییس جمهور در امور ایثارگران آغاز شد.
مسئولین بنیاد، بهشت زهرا و شهرداری بی توجه به اعتراضات بولدوزرها را راهی قطعه 40 كردند. خانواده های شهدا و جنبش عدالتخواه دانشجویی مصاحبه ها و اعتراضات رسانه ای تندی كردند. خانواده های شهدا با جمع شدن در بهشت زهرا و ایستادن جلوی بولدوزرها روند ادامه كار را با چالش مواجه كردند. ادامه كار شهرداری و بنیاد شهید موجب شد جمعی از خانواده های شهدا بولدوزر را به آتش بكشند.
 برخي خانواده هاي شهدا در محل قطعه ۴۰ تجمع و نسبت به ادامه اجراي اين طرح اعتراض كردند. اين خانواده ها با بيان اين كه «نبايد گلزار شهدا را به قبرستان هاي معمولي تبديل كرد»، اظهار داشتند: "تنها درخواست ما اين است كه به سنگ هاي مزار و حجله هاي بالاسر شهدا دست نزنيد. با اين حال ما با ساير برنامه ها موافقيم.  مسئولان اين طرح به ما وعده ساخت قبور بهتري را داده اند، ولي ما قبول نكرديم و گفتيم خواهان حفظ همين سنگ ها و حجله ها هستيم."
تشكل های دانشجویی از 4 اتحادیه جنش، بسیج، انجمن مستقل و تحكیم، بیانیه ای شدید اللحن با موضوع اعتراض به كودتای فرهنگی در بهشت زهرا دادند و به طرح یكسان سازی و بعضی اقدامات مشابه برای تحریف تاریخ انقلاب و تطهیر سازمان منافقین و ساواك در بهشت زهرا اعتراض كردند. توزیع بیانیه در تشییع شهدای دانشگاه تربیت مدرس موجی از نفرت عمومی را برانگیخت. در پی توزیع بیانیه و جمع آوری طومار اعتراضی، دانشجویان با برخورد تند و ضرب و شتم شدید از جانب حراست دانشگاه تربیت مدرس شدند.
"مازیار بیژنی" كاریكاتوریست روزنامه كیهان و "محمدحسین بناكاران" با كشیدن كاریكاتورهایی به این قضیه اعتراض كردند.
"ستاد پاسداشت شهدای نهضت جهانی اسلام" با صدور بیانیه ای به جمع معترضین پیوست.
در تجمع مردمی- دانشجویی مهندس نوریان معاون فرهنگی اجتماعی شهرداری با اطلاع از حضور دانشجویان، دانشجویان معترض را به شهرداری دعوت كرد. جلسه ای با حضور معاون فرهنگی اجتماعی شهرداری مهندس نوریان، خامه یار معاون بنیاد شهید، رئیس بهشت زهرا و مسئول حراست آن، و نمایندگان  دانشجویان و چند تن از معترضین از خانواده های شهدا برگزار شد و مقرر شد طرح تا پایان نظرگیری از مردم متوقف شود.
بنیاد حفظ و نشر آثار و ارزش های دفاع مقدس با صدور بیانیه ای اعتراض خود  را به این مسئله یادآور شد.
طومارهای اعتراضی مردم و تصاویر شاهكارهای بنیاد شهید در شهرهای مختلف به وسیله نمایندگان دانشجویان و مردم به دفتر رهبری تقدیم شد.
بسیج دانشجویی دانشكده علوم اجتماعی دانشگاه تهران همایشی تحت عنوان "تخریب یا یكسان سازی" با دعوت از معاونین بنیاد و شهرداری و استاد كمری و استاد ملاصالحی برگزار كرد. معاونین با عدم حضور مدیركل های خود را فرستادند. بعد از تكرار مكررات و طولانی شدن جلسه، استاد كمری در اعتراض به توجیه های غیرواقعی مسئولین شهرداری و بنیاد و عدم توجه به مسائل جلسه را ترك كردند.
در بیست و یکمین جلسه شورای ترویج فرهنگ ایثار و شهادت که به ریاست محمدحسین صفار هرندی وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی وقت برگزار شد، موضوع نارضایتی تعداد قابل توجهی از خانواده های محترم شهدا از احتمال محو آثار معنوی شهیدان بزرگوار انقلاب و دفاع مقدس در بازسازی قطعات شهدای بهشت زهرا(س) مطرح شد و مورد بحث و بررسی قرار گرفت. صفار هرندی ضمن ابراز نگراني خود و اعضاي شورا از وضعيت موجود اظهار داشت: "ما انتظار داريم هرگونه بهسازي و بازسازي در قطعات شهدا بر اساس طرح جامع ساماندهي بهشت زهرا(س) كه به تصويب شوراي ترويج فرهنگ ايثار و شهادت مي‌رسد، انجام گيرد."
عبدالكريم هودگر مدير كل پشتيباني و امور گلزارها در بنياد شهيد و امور ايثارگران گفت: متاسفانه طرح ساماندهي گلزار شهداي بهشت زهرا(س) بدون هماهنگي با اداره كل مهندسي اجراي طرح ساماندهي گلزارهاي شهدا و نماينده بنياد شهيد و امور ايثارگران تهران بزرگ صورت گرفته است.
خانواده های شهدای قطعه 44 و بعضی دیگر از خانواده های شهدا از شهرداری و بنیاد شهید به دیوان عدالت شكایت كردند که دیوان عدالت حكم به توقف تعلیقی طرح تخریب گلزار شهدای بهشت زهرا داد.
كانون اندیشه دانشجوی مسلمان دانشگاه صنعتی امیركبیر با برگزاری جلسه ای با حضور استاد كمری، دکتر كوشكی و دكتر رحماندوست، مشاور رییس جمهور در امور ایثارگران، و نماینده جنبش عدالتخواه دانشجویی نسبت به این طرح اعتراض كرد. معاونین بنیاد شهید بر خلاف وعده داده شده به دانشجویان برای دومین بار در جلسه حاضر نشدند.
كانون اندیشه دانشجوی مسلمان دانشگاه صنعتی امیركبیر با توزیع نشریه ای در مراسم تدفین شهدای دانشگاه امیركبیر نسبت به این قضیه اعتراض کرد.
در روز غبار روبی مزار شهدا در پایان سال 87 و هفته جنگ 88 معترضین  متن هایی را درمورد این مسئله در بین مردم توزیع كردند. خانواده های شهدا به مسئولین بنیاد و شهرداری در این مورد اعتراض نمودند.
كانون اندیشه دانشجوی مسلمان دانشگاه صنعتی امیركبیر با برگزاری دومین جلسه با حضور دكتر كوشكی و آقای علیدادی نسبت به این مسئله اعتراض نمودند.