حضرت آیت الله خامنه ای رهبر معظّم انقلاب اسلامی در پیامی درگذشت فقیه بزرگوار آیت الله آقای حاج شیخ حسینعلی منتظری رحمۀ الله علیه را تسلیت گفتند. متن پیام به این شرح است:

بسم الله الرحمن الرحیم   
اطلاع یافتیم كه فقیه بزرگوار آیت الله آقای حاج شیخ حسینعلی منتظری رحمة الله علیه دارفانی را وداع گفته و به سرای باقی شتافته‌اند. ایشان فقیهی متبحّر و استادی برجسته بودند و شاگردان زیادی از ایشان بهره بردند. دورانی طولانی از زندگی آن مرحوم در خدمت نهضت امام راحل عظیم الشأن گذشت و ایشان مجاهدات زیادی انجام داده و سختی‌های زیادی در این راه تحمل كردند.
در اواخر دوران حیات مبارك امام راحل امتحانی دشوار و خطیر، پیش آمد كه از خداوند متعال میخواهم آن را با پوشش مغفرت و رحمت خویش بپوشاند  و ابتلائات دنیوی را كفاره‌ی آن قرار دهد. اینجانب درگذشت ایشان را به همه‌ی بازماندگان بویژه همسر مكرّمه و فرزندان محترم آن مرحوم تسلیت میگویم و رحمت و مغفرت الهی را برای وی مسألت میكنم.
سیّد علی خامنه ای
29/ آذر/ 1388