حضرت آیت‌الله خامنه‌ای، دكتر شریعتی را نه تنها از ورای كتابها و نوارهای سخنرانی بلكه به عنوان یك دوست، یار و همراه می‌شناخته و بارها با یكدیگر در مشهد و تهران و در جریان مبارزات، گفتگو و تبادل نظر داشته‌اند، لذا به زیر و بم تفكرات شریعتی آشنا بوده‌اند.

متن زیر بخشی از مطالبی است که حضرت آیت‌الله خامنه‌ای در سخنرانی خود در سال 59 به مناسبت سالگرد فوت دكتر شریعتی در مسجد اعظم قم، بیان فرموده‌اند (روزنامه جمهوری اسلامی، 4/4/59، ص12):

 «شما برادران و خواهران عزیز و گردانندگان این مجلس عظیم و مهم كه یادبود سالگرد فقدان شریعتی عزیز در قلب حوزه‌های علمیه تشیع است كه مرا بخصوص برای گویندگی این مجلس خواستید، لابد بخاطر این بوده كه می‌دانستید سوابق دوستی و برادری و الفت و انس میان ما را و حقیقت هم همین است.

در سال 50 و 51 آن وقتی كه احساسات ضد شریعتی و احساسات شریعتی‌گرایان در اوج تخاصم بود و اینجا و آنجا بحث‌ها و قلم‌زدنهای بی‌ثمر و احیاناً زیان‌بخش و گفتن و شنیدنهای بی‌فرجام پایان ناپذیر وقت عزیز جامعه و ما و انقلاب ما را می‌گرفت، جوان طلبه‌ای در مدرسه فیضیه قم و یا ظاهراً در صحن، آمد پیش من گفت من از قم با شوق و علاقه‌ وافری برای شركت در كلاس اسلام‌شناسی حسینیه ارشاد هر هفته به تهران می‌روم و این هفته هم رفته بودم و شریعتی را استاد خود می‌دانم. اما رفتم آنجا و در ضمن بیانات دكتر جمله‌ای گفته شد راجع به روحانیون، من احساس ناراحتی و شرم كردم و خجالت كشیدم، اهانت بود و گله كرد كه چرا این استاد عزیزی كه ما به او علاقه داریم گاهی در حرفها تعبیرات نیش‌داری به كار می‌برند. من عیناً این مطلب را به مرحوم دكتر گفتم. از خصوصیات دكتر شریعتی حقیقت پذیری بود، برخلاف آنچه كه گفته‌‌اند و نوشته‌اند، حرف را گوش می‌كرد و اگر درست می‌یافت، می‌پذیرفت، و اگر كسی به خط فكری این متفكر عزیز در میانه سالهای 46 و 47 تا 52 نگاه كند، بروشنی این تغییر جهت را در چند بخش می‌بیند. دائماً رو به بهتر شدن و تكامل یابی و رفع عیب حركت می‌كرد. از این گله و شكایت برادرانه ناراحت شد و گفت جبران خواهم كرد و جبران كرد و چند سخنرانی پرشور و تعبیرات واقعبینانه درباره حوزه‌های علمیه و روحانیت و بخصوص طلاب، گوشه‌ای از این جبران بود. در آن دیدار راجع به حوزه علمیه و طلاب تعبیرات یادم نیست، نقل نمی‌كنم، اما نشان می‌داد كه این ذهن بیدار و این چشم نافذ دقیقاً موضع روحانیت و بالخصوص موضع حوزه‌های علمیه و طلاب جوان را در بافت كلی جامعه ایران و انقلاب ایران احساس و لمس می‌كند. چیزی كه نه قبل از او، نه متأسفانه بعد از او مدعیان پرچم‌داری روشنفكری نیمه‌اسلامی آن را از بن دندان درك نكردند، او می‌فهمید و درك می‌كرد و راستی امروز جایش خالی است.

شریعتی آن كسی بود كه نقطه انقطاع روشنفكری اسلامی و جریانهای روشنفكری قبل قرار گرفت. لذا حق بزرگی به گردن اندیشه روشن بینانه و روشنفكرانه اسلامی دارد.
به قول آقایان «آنتی تز» جریان روشنفكری ضد اسلامی دقیقاً شریعتی بود. من پیش از خیلی از كسانی كه بعدها با پاره‌ای از اشتباهات دكتر آشنا شده بودند به خاطر انس و آشنایی و صمیمیت و رفاقت، نقطه‌های اشتباه را در اندیشه او مشاهده و لمس می‌كردم، گاهی هم با هم بحث می‌كردیم، اما می‌دیدم كه او چه می‌كند، لمس می‌كردم كه او چه هنر بزرگی دارد به كار می‌برد، نمای خارجی اسلام در دید طبقات تحصیل‌كرده و روشنفكر در آن روز یك نمای ضد روشن‌‌بینی بود. درست است كه در سال 42 و 43 و چند سال بعد از آن، به واسطه مقاومت عظیمی كه مردم به پشتگرمی و اتكاء حوزه علمیه كردند، نظرها نسبت به اسلام تا حدود زیادی واقع‌بینانه شد، اما این معنایش این نبود كه اسلام مبارز است، اسلام مقاوم است، اسلام ضدظلم است، معنایش این نبود كه اسلام ما را به پرواز بی‌نهایتی، به سوی اندیشه‌های ناگشوده فكری و مقدس و انسانی و شریف سوق می‌دهد، این كار شریعتی بود، شریعتی توانست نسل جوان را یكجا و دربست به طرف مذهب و ایمان مذهبی بكشاند. این كار را او به طبیعت خود می‌كرد، تصنعی در این كار نداشت، طبیعتاً اینطوری بود، او خودش یك چنین ایمانی داشت، او خودش یك چنین دید روشنی به اسلام داشت و به همین دلیل بود كه آنچه از او میتراوید این فكر و این منش را ترویج می‌كرد.

بعد از بلوغ شریعتی در عرصه روشنفكری و بر منبر روشنفكری اسلامی بسیار بودند كسانی كه معلمان شریعتی بودند، اما كشف نشده بودند، ولی كشف شدند، شریعتی به خود من بارها می‌گفت كه من مرید مطهری هستم، مطهری را استاد خودش می‌دانست و ستایشی كه او از مطهری می‌كرد، ستایش یك آشنا به شخصیت عظیم و پیچیده و پرقوام مطهری بود، اما مطهری در سایه و یا در پرتو حسن‌ظن و اقبالی كه جوان روشن‌بین روشنفكر و نسل تحصیل كرده به اسلام پیدا كرده بود شناخته شد. قبلاً مطهری را همكارها و همدرسها و شاگردهایش فقط می‌شناختند، طلوع مطهری در آفاقی شد كه آن افاق را از لحاظ جو كلی، كوششهای شریعتی به وجود آورده بود و یا در آن سهم بسیار بزرگی داشت. البته ارج و ارزش فیلسوف متفكر پرمغزی مثل مطهری در جای خود روشن و واضح است.

دشمن در آن وقت خوب فهمید كه به كجا تكیه كند. نقش اختلاف افكنی و در این نقش دشمن یك جانبه بازی نكرد بلكه دو جانبه بازی كرد. از دو طرف دو جناح و دو جبهه را به جان هم انداخت. كسانی را به بهانه اشتباهات شریعتی آنچنان برانگیخته كرد كه حاضر شدند بگویند این حتی دین ندارد، سنی بودن پیشكش چون چیز خیلی كمی بود، معتقد به الله و معتقد به نبوت هم نیست. متقابلاً عده‌ای را وادار می‌كردند كه بیایند به مردم و جوانها بگویند بفرمائید اسلام یعنی این، مسلمانها یعنی این، روحانیت یعنی این، تبلیغ اسلامی حوزه علمیه یعنی این كه این اندیشه‌ها و این آرمانها و این هدفها و این سوز و این گداز را بی‌دینی می‌داند، و این بازی گرفت و به طور فاجعه‌آمیزی هم گرفت و آن كسانی كه در این میانه می‌ایستادند و به دو طرف هشدار می‌دادند، به یك طرف می‌گفتند بابا برای اشتباهات كوچك، برای خطاها و لغزشهای قابل اغماض، اصالتها و ارزشهای بزرگ را فراموش نكنید و به قول خود شریعتی مجازات را به قدر گناه بدهید و نه بیشتر، او خودش هم می‌گفت من اشتباهاتی دارم، اما مجازاتی كه بعضی از آقایان برای من در نظر می‌گیرند صد برابر بزرگتر از اشتباه من است. اگر صد برابر بزرگتر نبوده ده برابر بزرگتر بود و به این طرف بگویند موضع عكس‌العملی انفعالی پیدا نكنید. آن كسی كه به نام حوزه علمیه کتاب مینویسد سر تا پا فحش، به دلیل فحاشی‌اش جزء حوزه علمیه نیست. حوزه علمیه جای عالمانه سخن گفتن است و نه عامیانه تهمت و افتراء و فحش‌آمیز. این عده‌ای كه این وسط را گرفته بودند اتفاقاً از دو طرف می‌خوردند. عده‌ای به اینها می‌گفتند روشنفكرزده و عده‌ای می‌گفتند مرتجع و این دلیل آن بود كه نقش سازمان امنیت خیلی خوب گرفته بود.
و در سوی دیگر انتقاد تبدیل شد به فحاشی و این اختلاف به دو حركت شدید متخاصم مبدل شد و بعد از آن همه كوشش و تلاش كه توانسته بود روحانیت و جوان را كنار هم قرار بدهد این دو بتدریج با هم قهر می‌كردند و از هم رو برمی‌گرداندند. خوشبختانه انقلاب اسلامی ایران اوجش، اشتغال بزرگش، همه این ناصافیها و قشرها و ناهنجاریها را ذوب كرد و از بین برد.»